商洛學院始終堅持“科研強?！睉鹇?，高度重視科研工作，在制度建設、項目建設、成果應用轉化、科研平臺打造、服務地方社會等方面主動作為、著力提升、不懈進取，充分實踐了“自強不息 止于至善”的大學精神。

    學校建成陜西省科協院士專家工作站2個（趙鵬大院士工作站、張生勇院士工作站），建成全國唯一的省級尾礦資源綜合利用重點實驗室，生物學學科進入陜西省優勢學科B類序列，建成陜西（高校）哲學社會科學重點研究基地——商洛文化暨賈平凹研究中心、陜西省商洛市GAP工程技術研究中心等6個省級研究平臺和秦嶺植物良種繁育中心等9個校內研究機構；建有“秦嶺植物標本陳列室”“秦嶺礦產資源陳列室”“商洛紅色文化資料館”3個大型展室，是陜西省首批社會科學普及基地單位；與浙江萬里學院、西安工業大學、西安體育學院、曲阜師范大學、西北大學、西安科技大學等6所高校簽訂了聯合培養碩士研究生協議，獲得研究生聯合培養示范工作站1個（與西北大學聯合申報）。

    學校始終鼓勵廣大教師科研人員圍繞區域經濟社會發展開展科學研究、科技咨詢、科技服務與成果推廣，在全省高校中率先設立了“服務地方專項科研計劃”；建立了陜西省尾礦資源數據庫和標本陳列室，建成全省首個中草藥標準化生產氣象災害監測預警系統；以“商麥5226”為代表的系列小麥新品種累計推廣540余萬畝，累計增加農戶收入3億多元。

    學校圍繞“南水北調”中線工程、商洛市移民區規劃、秦嶺生態及旅游建設等地方重大問題積極開展專題研究，向有關部門提交了以南水北調（中線）商洛水資源補償模型、丹江流域水土流失修復模式為代表的多種科學規劃方案和近百篇高質量研究咨詢報告，為地方政府決策提供了諸多切實可行的理論及實踐依據，受到市委、市政府和有關部門的高度重視，為地方經濟社會文化發展帶來了良好效益。

    2006年升本以來，學校共出版學術著作、教材等130余部，被SCI、EI、CSSCI等核心期刊檢索收錄論文200余篇，授權專利156件、軟件著作權42項，審定植物新品種2個；學校共承擔國家級項目10項、部級項目6項，獲省級科研、教改項目294項，獲市級及其以上科技成果獎勵93項。

   《商洛學院學報》學術影響不斷擴大，兩次被評為全國高校優秀社科學報，進入武漢大學RCCSE核心期刊擴展目錄和國家新聞出版廣電總署首批學術期刊認定目錄。